domingo, mayo 24, 2020 

Evolución COVID-19 (23-mayo)

He modificado el cálculo de Rt para ajustarlo mejor. aunque se calcula como la ratio de fallecidos pasados dos días lo hago como media geométrica de las últimas dos semanas para que no fluctúe demasiado:

Aquí otro gráfico con los Rt y los fallecidos actuales y proyección:







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viernes, mayo 22, 2020 

Evolución COVID-19 (21-mayo)

He cambiado el gráfico para poner el número reproductivo (Rt) en el eje horizontal:

El resultado es similar pero Rt es una cifra más estándar. Según he podido ver se calcula tan fácil como el incremento de un día entre el incremento de dos días antes. No sé si el intervalo es siempre dos días o está relacionado con el periodo infeccioso de cada virus pero con este que nos toca ahora lo calculan con dos en cualquier caso.


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jueves, mayo 21, 2020 

Evolución COVID-19 (20-mayo)

El gráfico actualizado:

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martes, mayo 19, 2020 

Evolución COVID-19 (18-mayo)

He confeccionado un gráfico muy ilustrativo de la situación y tendencia de la Covid-19 en todo el mundo:
Pinchad en él para verlo grande que si no te dejas la vista.

En el eje vertical se informa de los fallecidos por millón de habitantes durante la última semana: más alto indica países con mayor amplitud de la enfermedad pero depende del momento en el que esté (antes del pico, en el pico o durante el pico). La escala es logarítmica pues distribuye mejor los países.

En el eje horizontal se marca la variación que la última semana ha supuesto respecto a la anterior: 0% indica que no hay variación y el país se encuentra en el pico superior de la curva. Un valor positivo indica que aún se está creciendo y uno negativo que ya se está reduciendo la mortandad diaria.

Hay países por encima de 100% que los he "pegado" en el límite de 100% para que no hicieran el gráfico muy grande. Además coinciden con los que tienen actualmente unos datos que hacen desbordarse al modelo y habrá que esperar para ver su verdadera evolución.

El tamaño de la burbuja es proporcional al total actual de muertos por millón. Los que tienen variaciones más altas aparecen ahora arriba (España, por ejemplo) pero acabarán en la zona verde manteniendo el mismo tamaño de burbuja o incluso algo más grande.

La evolución normal es empezar desde cero, avanzar por la zona roja aumentando la tendencia y subiendo en el número de fallecidos, pasar a la zona amarilla que es el pico de la enfermedad donde se alcanza el máximo semanal, pasar a la zona azul reduciendo el dato semanal y terminar en la zona verde hasta llegar a cero otra vez.

La flecha señala aproximadamente ese ciclo: los países con mayor amplitud, como España, lo hacen por la parte de fuera mientras que los que han tenido menos afectación lo pasan por el lado de dentro, como Grecia.

Los límites de las zonas son arbitrarios. He puesto 1 muerto semanal por millón como límite para considerar que se está en zona verde porque es un dato redondo y fácil de interpretar. Para poner en contexto, Corea llegó a esa cifra o un poco menos en su peor semana.

Los límites para la "meseta" alrededor del pico los he puesto en +/-20% para que la zona central se viera mejor, pero realmente en el -10% ya se aprecian signos claros de abandono de la meseta.

Los países que están en la frontera entre la zona verde y la amarilla tienen una amplitud baja y no se sabe muy bien cuál será su evolución pero no parece que vayan a tener grandes problemas. Sin embargo los que están entre la verde y la roja están comenzando y su evolución podrían evolucionar a cualquier amplitud ; aún no tienen datos suficientes. El punto triple entre la verde, la amarilla y la roja es una mezcla de todo.

Podéis encontrar al país "World" en la zona central, sobre los 3 muertos semanales. Está ya abandonando la meseta pero eso no significa que la Covid-19 vaya a terminar en todos los paises tan pronto, porque en realidad es la media y al aplicarle el modelo también se calcula la media de la fecha de finalización.

Eso lo estamos viviendo ahora en España con varias Comunidades en distintas fases de desescalada. Los datos conjuntos del país aplicados al modelo señalan que terminará la enfermedad sobre mediados de julio (en mi modelo es no tener ningún muerto diario) pero unas comunidades lo harán antes y otras después.

¿Distorsiona esto mucho los datos? He calculado el modelo para USA y para dos agrupaciones de estados: Nueva York, Connecticuc y Nueva Jersey que se llevan entre los tres sobre el 40% de los muertos pero empezaron antes y el resto que además van más lentos y terminarán mucho después. Pues bien: el modelo se "pega" bastante al foco más lento dando como resultado una fecha de finalización pocos días anterior al grupo de los rezagados. Sospecho que en España pasa lo mismo (con Madrid y Barcelona como focos fuertes y que empiezan antes) pero no tengo datos separados para corroborarlo con el modelo.

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viernes, mayo 15, 2020 

Evolución COVID-19 (14-mayo)

Actualizo la retrospectiva de la proyección a 31/7/20 de España:


Al contrario de lo que parecía en el anterior post, ahora no parece que haya un efecto "desescalada" medible; la proyección se ha estabilizado sobre los 30.000 fallecidos. No obstante este modelo lleva un retraso de unos 14 días por su construcción (medias de 14 días + regresión de 14 días) por lo que habrá que esperar dos o tres semanas para ver algo si es que aparece.

Actualizo también la proyección de todos los países. Sigue habiendo muchos con pocos datos hasta la fecha que no permiten realizar una estimación fiable. Los que empiezan a tener datos suficientes sufren los primeros días de vaivenes que probablemente posteriormente no se materializarán. Por ejemplo Brasil u Honduras que hace una semana parecía que iban a tener una proyección exagerada ahora tienen unas cifras más parejas al resto de los países.





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miércoles, mayo 13, 2020 

Evolución COVID-19 (11-mayo)

Fallecidos diarios por cada 100.000 habitantes (sin ajustar por exceso de mortandad):
Vuelvo a sacar los datos originales, sin ajustar por exceso de mortandad, ya que varios países han ido corrigiendo los datos y acercándose a las cifras reales y ya no puedo saber cuáles se ajustan más o menos.

He metido Brasil y quitado China porque esta última ya no aportaba nada y Brasil es más preocupante.

Lo siguiente es una proyección retrospectiva delo modelo para la cifra total de fallecidos de España. El modelo proyecta un montón de muertos hasta el 20/3; cuadra porque son de las fechas sin cuarentena, pero también hay que tener en cuenta que el modelo es más inexacto al principio. A partir del 20/3 se baja rápidamente hasta las cifras actuales (sobre los 30.000 muertos):


Zoom de las últimas semanas: se ve que la reducción ha parado y comienza otra vez a incrementarse. ¿Casualidad o coincide con la relajación de medidas? No creo que mi modelo sea tan perfecto como para apreciar eso, pero... Bueno, aquí están los datos:


He conseguido hacer una proyección de todos los países a 31/12/21 (he puesto casi dos años para asegurar los datos). Muchos no se han calculado porque aún no hay datos suficientes (he cortado por debajo de 15 muertos totales) Otros no salen porque la proyección se dispara: como el modelo se basa en la tendencia lineal del logaritmo de los días para duplicar los fallecidos de los últimos 14 días, si un país tiene hace dos semanas un pico por error de datos o por lo que sea, el cálculo se dispara y no es fiable. O también puede ser que esté indicando que no lo llevan nada bien y que acabará infectada toda la población. Esto le ha pasado a Acerbaiyán, Bosnia, Bolivia, Camerún, Congo, Irak y Túnez.

Y estos son el resto de países con datos que proyectan algo significativo:
India tiene muy mala pinta: lleva 2.000 muertos y una tendencia que le llevaría a fallecer el 1% de la población. Eso son 10 millones de muertos. Quizá este país está más en la línea de los anteriores donde el modelo se ha disparado y no sabemos si es por datos insuficientes o si realmente está diciendo algo.

Por debajo de India sigue Sudáfrica con 0,17% que es una cifra más creíble pero también acaba de empezar y habrá que ver si los datos siguen proyectando lo mismo en las próximas semanas.

Detrás viene el país más problemático con datos suficientes para creer al modelo: Brasil. En las dos o tres últimas semanas ha perdido fuelle (no iba mal, llevaba pendientes similares a Europa) Se van a 0,14% que viene a ser el doble que los peores europeos. No obstante tienen una curva más lenta pues el pico coincide con nosotros más o menos (ver primer gráfico) No tengo muy claro aún esa razón, creo que está relacionado con el número de focos en el momento de iniciar las medidas (si tienes un solo foco aunque pongas malas medidas el pico no va a ser tan alto; si tienes muchos focos el pico será muy alto aunque consigas acabar pronto, que es nuestro caso o más significativo el de Francia)

Ya sin mostrar hay un grupo con datos suficientes y porcentajes más bajos. Están ahí los que han tomado las medidas a tiempo y/o han tenido pocos focos y lo han sabido gestionar. Por poner un ejemplo está Noruega que va por el 0,04% y ya ha detenido prácticamente los fallecimientos. No los he incluido para hacer más legible el gráfico.

Y por fin están los países sin datos suficientes aún, bien porque no tienen aún contagios o bien porque no registren nada. Los que tienen población significativa son fundamentalmente africanos y algunos como Indonesia o Bangladesh.

Bien es cierto que al tener una población muy joven les afecta menos y pueden conseguir inmunidad de grupo. Por ejemplo Egipto que tiene un 5% mayor de 64 años. España tiene un 20% que son 4 veces más. Como la mayor parte de las muertes son por encima de 64 años (el 90%) haciendo las cuentas al Covid-19 les afecta la mitad que a nosotros.

Pongo un gráfico de algunos países comparados con España para ilustrarlo: está en número de fallecidos diarios, no en porcentaje y pensad que Egipto tiene el doble de habitantes que España. Un país muy parecido en población es Turquía que tiene un 8% mayor de 64 y también va bastante bien. Para ser justos también pongo a Grecia que son tan viejos como nosotros pero tienen un 0,001% a 31/12/21: misma cifra que Egipto mientras Turquía está en 0,004%.
Zoom a fechas cercanas. A primeros de julio Grecia y Turquía ya no tendrían fallecidos mientras que España y Egipto coincidirían sobre los 2 fallecidos a finales del mismo mes:



Por último dejo aquí los datos a 31/7/20 como venía haciendo para que se pueda comparar con post anteriores por si tenéis curiosidad:

País Total a 31/7 % sobre población Diario a 31/7
Belgium 9.631 0,08% 0
France 28.592 0,04% 1
Italy 34.558 0,06% 5
Germany 8.695 0,01% 0
Netherlands 6.214 0,04% 0
Spain 29.783 0,06% 3
Sweden 4.413 0,04% 1
United Kingdom 39.558 0,06% 6
US 122.717 0,04% 98
Brazil 128.455 0,06% 1.951

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martes, mayo 05, 2020 

Evolución COVID-19 (4-mayo)


Fallecidos diarios por cada 100.000 habitantes ajustados por exceso de mortandad:

He cambiado las líneas suavizadas por los datos directos (que son la media de 14 días de los publicados para evitar los efectos de los fines de semana) porque se diferencia mejor la curva real de la proyectada.

Además he simplificado el cálculo: al pasar a medias de 14 días ya no necesito otros ajustes posteriores por lo que el cálculo queda muy simple: sobre la media de 14 días de fallecidos se calculan los días para duplicar los fallecidos (dpd):

dpd = ln(2) / ln(media_hoy/media_ayer)

Los "días para  duplicar" se pasan a escala logarítmica:

dpd_log = ln(dpd)

Y esa es la serie que se comporta de forma estable como una recta más o menos. Para proyectar se calcula una regresión lineal de los últimos 14 días (lo que implica que la proyección acumula datos de hace un mes entre la media inicial y la proyección) y de ahí se realizan los cálculos contrarios.

Aún así los datos tienen ruido y el propio modelo es muy sensible a pequeñas variaciones por lo que los datos finales de fallecidos siguen dando bastantes botes pero bastante menos que antes según van pasando todos los países graficados por el pico de fallecidos diarios.

Estas son las proyecciones a 31/7, recordad que estas NO están ajustad por excesos de mortandad (sumad unos 8.000 en el caso de España)

Otra consideración importante: según los datos de Corea se estima que la mortalidad final rondará el 0,66% incluidos testeados y no testeados, sintomáticos o no. En España, con unos 32.000 muertos actualmente (25.000 declarados, 7.000 no declarados) eso implica casi 5 millones de casos. Pero si se hacen las mismas cuentas en Madrid sale que tiene o ha tenido la enfermedad más del 40% de la región. Esto explica que la mayoría de los casos nuevos sean casi exclusivamente de personal sanitario, pues el resto estamos cerca de la inmunidad de grupo.

País Total a 31/7 % sobre población Diario a 31/7
Belgium 8.803 0,08% 0
France 27.254 0,04% 0
Italy 34.530 0,06% 4
Germany 8.624 0,01% 0
Netherlands 6.418 0,04% 1
Spain 30.229 0,06% 4
Sweden 4.121 0,04% 1
United Kingdom 38.644 0,06% 5
US 103.067 0,03% 28
China 3.248 0,01% 0


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